僕がWebページを眺める時の基本環境はFx-Trunk(実はMacBookでもそうだったりする)なわけですが、ここのところSafari for Windowsも使用していたりします
そんなわけで、使い勝手とかをちょっと考えてみようかと思います

タブ切り替えがCtrl+Tab(Shif+Ctrl+Tab)じゃない

WindowsでMDIなアプリケーションでのタブ切り替えは「Ctrl+Tab(Shif+Ctrl+Tab)」か「Ctrl+F6(Shift+Ctrl+F6)」だと思うわけですよ
OpenOffice.orgやFxにも同様な事がいえるとは思いますがそのOSでの標準の動きにある程度はそろえる必要性があると僕は思っています
#まあ、それぞれのOSの標準を無視してアプリケーションとして同様の動きをさせるって考え方もあるにはあるとは思いますが

最大化させると自動的に隠すに設定したタスクバーを触れなくなる

これってバグの部類なのか使用の部類なのかがちょっとわかりません
iTunesもそうなんですが独自のウィンドウの作りをしている関係上いろいろな制約が出てくるかと思われます
だからだとは思うわけですが、Alt+スペース(もしくは、ウィンドウの左上のアイコンをクリック)した時のメニュー内の最大化は使用できません
#iTunesの場合は上記のような事はありません

画面のデザインでフォントを変更するとメニューがおかしくなる

再現はできるのにタイミングがよくわからないし直しようがないという結構面倒な部類です
手順としては、画面のデザインを開いてフォントを片っ端から標準設定されているものから変えるだけです
一回なってしまうとフォントを元に戻してもだめで、一回配色を違うものに変更してから元に戻す必要があります
#これも上記同様独自ウィンドウの弊害なんでしょうきっと